پس از مرگ ملا عمر، طالبان به چند دسته تقسیم شدند که مهم ترین آنها، دسته به رهبری ملا اختر منصور بود که در پاکستان ایجاد شد و دسته دیگر، گروه به رهبری ملا محمد رسول نورزایی در افغانستان.

گروه ملا اختر منصور، قوی ترین گروه طالبان پس از مرگ ملا عمر است که توانسته طیف های مختلف طالبان را در کنار خود جمع کند.
طالبان بلافاصله پس از مرگ ملا عمر، اختر منصور را به رهبری خود بر گزیدند، اما مدتی پس از اعلان رهبری جدید طالبان، ملا رسول نورزایی با رهبری ملا اخترمنصور مخالفت نمود و منصور را به جاسوسی به امریکا و مرگ ملا عمر، رهبر پیشین طالبان متهم کرد و پس از مدتی، در زیر کوه شیندند با نشر نوار ویدیویی که بعدا توسط رسانه ها به نشر رسید، گروه جدیدی را اعلان کرد که از همین جا اختلاف درگیری های مسلحانه میان این دو گروه آغاز شد.
بیشتر این درگیری ها، در جنوب و جنوب غرب افغانستان به ویژه ولایت فراه و زیر کوه شیندند اتفاق افتاده است.
زیر کوه شیند، یکی از مناطق نا امن افغانستان و پایگاه دایمی طالبان می باشد که از سیزده سال به این طرف وجود داشته است.
طالبان پس از شکست، از هرات به سوی زیرکوه شیندند عقب نیشینی کردند و از همان زمان تا کنون در آنجا حضور دارند طبق روایت ها؛ در اوایل دولت افغانستان از این گروه به عنوان اله فشار بر امیر اسماعیل خان حمایت می کرد.
طوری که در سال 1383 عملا این گروه به سرکردگی امان الله نوزرزی، به بازار فرمانداری شیندند هجوم برد که تعداد زیادی از مردم بیگناه در این جنگ به شهادت رسیدند.
مدتی پس از این جنگ، امان الله نورزی در اخلافات میان قومی کشته شد و طالبان عملا برای مدتی پراگنده شدند تا زمانیکه ننگیالی فرزند امان الله نورازیی، رهبری این گروه را در دست گرفت و از آن زمان تا اکنون هر از گاهی بر مواضع دولت و مردم این فرمانداری حمله ور می شوند که بیشترین تلفات را در این جنگ ها دولت، نیرو های امنیتی و مردم داده اند.

پس از تقسیم شدن طالبان به دو گروه، گروه ملا رسول نورزایی زیرکوه را به عنوان پایگاه خود بر گزید و با همسویی با دیگر طالبان بر علیه دولت به جنگ پرداخت.
اما سوال اینجا است که چرا دولت با وجود آگاهی از تمام جریانات، درچهار ده سال گذشته برای بر اندازی پایگاه طالبان در این فرمانداری اقدام جدی انجام نکرده است؟
اگر در حکومت آقای کرزی از این گروه به عنوان ابزار فشار حمایت صورت می شد چرا حکومت وحدت ملی در این مورد اقدامی نمی کند؟
این مسئله نشان می دهد که دولت افغانستان، تصمیم عملی برای بر اندازی طالبان ندارد و می کوشد تا به هر طریقی و به بهانه های مختلف طالبان در امان بمانند.
و اما جنگ طالبان؛
بلافاصله پس از ایجاد شاخه جدید طالبان به رهبری ملا رسول نورزایی، درگیری میان این دو گروه در جنوب افغانستان آغاز گردید و اهسته آهسته مناطق دیگر را نیز در بر گرفت طوریکه در نخستین در گیری میان این دو گروه در منطقه زیرکوه فرمانداری شیندند، در ماه قوس امسال که بیشتر از یک هفته به درازا کشید، حدود هفتاد تن از طرف های درگیر کشته وبیشتر از 50 تن دیگر زخمی شدند.
اما دولت در این میان، نقش بی طرف را داشت، تا اینکه سران اقوام از مناطق مختلف هرات در زیر کوه شیندند جمع شدند و میان آنها صلح کردند که بازهم دولت در برابر هیچ یک از جناح های درگیر و افرادی که نقش میانجیگر را داشتند اقدامی نکرد.
از چند روز به این سو، بار دیگر درگیری میان افراد وابسته به ملا اختر منصور و ملا رسول نورزایی جریان دارد و طوریکه دیده می شود تا کنون دولت هیچ اقدامی جهت سرکوبی طرف های درگیر انجام نداده است و اینکه چه برنامه در سر دارند و چرا از فرصت های موجود استفاده نمی کنند والله و اعلم.